工程分院设置以下七个内设科室：

一、办公室

负责办公事务、对外接待、资产管理、培训、招商引资等工作。

二、教学就业科

负责教务管理、实践教学管理、师资队伍建设、教研、科研、信息化建设、就业创业教育及管理等工作。

三、学生管理保卫科

负责校区安全稳定、学生思想政治教育、招生、学生日常行为管理、德育课、班主任管理、大学生社会实践、学生各种问题活动组织安排、学生宿舍楼管理、奖助学金评选等工作。

四、建筑工程教研室

负责建筑工程技术、工程造价两个专业的专业建设、课程建设、教学、教改、科研、实训室建设等工作。

五、机电工程教研室

负责机械设计制造及其自动化（本科）、电气自动化、机电一体化技术、农业装备应用技术四个专业的专业建设、课程建设、教学、教改、科研、实训室建设等工作。

六、水利工程教研室

负责水利工程专业的专业建设、课程建设、教学、教改、科研、实训室建设等工作。

七、后勤科

负责水电暖、绿化、维修及伙食等后勤管理。